- Alasan kesalahan raga dan kelamin.
Banyak waria atau bencong beralasan mereka sebenarnya adalah perempuan tetapi dilahirkan dalam wujud laki-laki. Mereka pun mengaku kalau nalurinya adalah perempuan sehingga ingin menjalani hidup sebagai seorang perempuan.
- Karena masalah ekonomi.
Untuk mencukupi kebutuhan ekonomi bisa menyebabkan seseorang berubah menjadi waria. Sebenarnya ini bermula dari peran pura-pura demi mendapatkan uang. Dari sering menjalani peran sebagai waria atau bencong, lama-lama menjadi kebiasaan dan akhirnya menjadikan dia bencong beneran. Yang lebih parah lagi dia mulai terbiasa dan nyaman mengenakan pakaian seperti seorang perempuan.
- Karena trauma.
Bisa juga karena pria tersebut pernah disakiti wanita sehingga memutuskan untuk melukai sesama jenis dengan merubah penampilannya jadi mirip wanita. Atau mungkin juga pria tersebut pernah mengalami perlakuan yang tidak senonoh dari temannya atau orang lain yang membuatnya memilih jadi waria sehingga merasa lebih nyaman.
- Karena faktor lingkungan.
Lingkungan memiliki pengaruh sangat besar pada kebiasaan seseorang. Laki-laki yang sering bergaul dengan wanita sejak kecil ini bisa memiliki sifat kewanitaan ketika besarnya nanti. Bukan hanya itu saja, laki-laki yang bekerja di salon yang banyak melayani kastamer wanita lama-lama akan menjadikannya seseorang yang lemah gemulai seperti wanita. Yang lebih parah lagi laki-laki tersebut lebih nyaman apabila memakai busana dan berdandan mirip wanita.
- Adanya mutasi gen.
Dalam medis ada hormon yang menyebabkan laki-laki berprilaku seperti perempuan. Mutasi gen ini menjadikan kelainan gen pada pria, seperti contoh gen XXY, gen wanita (X) lebih dominan, sehingga laki-laki tersebut mengalami kelainan didalam tubuhnya tersebut.